一、技术创新
模块化研究仍然是2006年研究的一个热点问题。唐要家、于立的《系统市场中企业策略性排他行为分析》深化了这方面的问题研究。该文将系统竞争和组件竞争结合起来，分析系统市场中的企业策略性行为及其对市场竞争和创新的影响。在系统市场上，开放的系统竞争结构是较优的，但是企业并不一定会选择与社会福利目标相一致的组织形式，而是更多地基于策略性需要来进行选择。
技术创新是产业组织理论中企业行为研究关注的一个重要方面，专利是技术创新的一个重要环节。刘林青、谭力文在《为研发而申请专利还是为专利申请而研发》中认为，在传统的“为研发而申请专利”的逻辑下，专利仅仅是研发活动的结果和表现，其战略重要性被明显低估。产业垂直分工和知识型企业的大量涌现表明，专利申请动机已明显地从防御性技术保护向进攻性价值创造转变；专利被视作有形化的知识商品从幕后走上前台成为企业和国家竞相争夺的焦点；对专利认识也正像市场营销理念那样从供应导向观向需求导向观转变。为此,该文提出以“为专利申请而研发”作为逻辑起点的新的专利战略概念框架。
二、产业组织方式的变革
当代产业组织理论在描述进入竞争问题时，都有一个隐含的基本假定，就是新进入者都是某一产业中现有企业之外的潜在的和现实的竞争者。刘志彪、陈柳的《论创业型雇员的进入行为与竞争政策》对此进行了探讨，认为雇员所面临的进入壁垒的降低可能会引致企业不雇佣或者少雇佣创业型人才，或者雇佣低水平的经理人。市场进入对于竞争政策的正确含义，应该在区分本企业的雇员进入和现有企业之外的竞争者进入这两种情况下得出。
跨组织资源以及企业的边界演变问题是产业组织的一个新课题。王睢的《跨组织资源与企业合作：基于关系的视角》针对企业资产专用性风险与垂直一体化分解之间的矛盾，提出应当用跨组织资源来探讨企业之间合作的本质。该文认为，跨组织资源化解决了资产专用性风险与一体化分解之间的矛盾，并推动了企业间合作的实现。欧阳文和、高政利、李坚飞撰写的《零售企业规模无边界的理论与实证分析－－－以沃尔玛为例》认为，企业规模理论在企业战略联盟及企业网络化环境下受到质疑，学术界提出了企业无边界理论，零售企业尤其是沃尔玛的快速扩张又提出了另一种无边界理论。
三、环境管制及其管制改革
对环境管制的关注是2006年政府管制领域内理论研究的一个新特点。张其仔等几位学者发表文章专门探讨中国工业污染防治的制度性缺陷及其纠正问题。他们认为，为了进一步完善中国的环境保护政策与机制，使环境政策变得“完美可执行”，关键是要对现有环境政策与机制进行三个方面的改进：一是建立环境保护措施的经济社会影响分析制度，以“成本有效性”分析方法评估环境措施，并且分析环境措施的成本分担问题，以便于对在环境管制中受损的群体进行合理援助或补偿。二是促进环境保护政策与技术创新政策的整合，既要注重选择鼓励科技进步的环境管制工具，又要加强对特定科技创新的环境后果评价，防止科技进步偏离环境友好、资源节约的方向。三是建立激励型区域补偿机制和进行系统的生态税改革，建立区域性生态补偿基金，来解决由于跨区、跨界污染所导致的区域间利益冲突；同时，优化中国的税收结构，在不增加总体税收负担的前提下，提高生态税在税收总量中的比重。
自主创新与对外合作是目前推动中国经济发展的两个不可或缺的动力。黄德春、刘志彪通过模型推理发现：环境管制在给一些企业带来直接费用的同时，也会激发一些创新，可以部分或全部地抵消这些费用成本。
四、公用事业管制及其管制改革
目前我国公用事业的改革正不断深化，对公用事业管制及其管制改革的研究，也正是当前产业组织领域的重要课题。刘戒骄根据公用事业本身的技术经济特征和各环节内在的纵向关系，构造了一个区别非网络环节、网络环节和监管环节的三维分析框架，认为公用事业究竟应该采用纵向一体化还是非纵向一体化结构，并没有非此即彼的标准答案，而是取决于不同地区、不同产业的发展阶段、市场规模、技术经济特点、监管能力等因素。
在管理方式问题上，黄新华把政府管理公用事业时可供选择的政策分为三类，即政府管制、特许经营权竞标和设立公共企业，认为这三种政策选择各有利弊，从理论上看，特许经营权竞标优于政府管制，而政府管制优于公共企业，因为就企业面临的竞争性约束程度而言，在特许经营权竞标中竞争是最为激烈的，企业必须通过质量与价格参与竞争获得特许经营权。但是黄新华在文章中也承认，在实践中对这三类选择性方案提供一个优先顺序是很困难的。
至于公用事业的风险，杨永忠认为，自然垄断产业的改革在先后经历了强化管制、引入竞争两个阶段之后，目前正在转入以控制风险为主要特征的风险管制阶段。由于对自然垄断产业的改革已经将其中的自然垄断业务与非自然垄断业务相互区分，并在非自然垄断业务中引入竞争。因此，现代自然垄断产业的效率已转变为由自然垄断业务的自然垄断效率和非自然垄断业务的竞争效率组成。而正是这各部分效率的冲突，导致了自然垄断产业风险的上升。
五、价格管制与反垄断
作为政府管制领域内的经典问题，价格管制与反垄断也是学者们在2006年关注的重要内容之一。王俊豪在借鉴国外传统的城市公用产品管制价格模型（主要是“投资回报率模型”和“最高限价模型”）的基础上，尝试建立符合我国特点的管制价格模型，所建立的模型以成本、消费价格指数、质量、价格调整周期、利润作为主要考虑因素。其文章认为，虽然政府不能观察企业成本的实际运行过程，但能发现其运行结果，监管者可以通过控制成本的变化，促使企业自觉提高效率、降低成本。
如何监督控制跨国公司的转移定价，这是一个与一般意义上的价格管制相区别而又相联系的问题。李波归纳总结了美国、英国和日本这三个国家在管制跨境转移定价方面的措施和经验，认为可以给我国提供三个方面的借鉴：一是结合本国的国情，选择科学合理的转移价格调整方法；二是在政府倡导下构建转移定价的数据信息平台；三是加强转移定价的稽查力度，提高稽查效率。
关于反垄断问题，吴汉洪、安劲萍的文章总结了我国企业间“卡特尔行为”的主要形式，以及政府管制卡特尔行为时存在的问题。该论文也注意到，并非所有的卡特尔行为都具有反竞争的性质，有些卡特尔协议的行为虽然在一定程度上限制了竞争，但对国家整体经济和公共利益却是有利的，即所谓“合理的”卡特尔。因此，在具体的反垄断立法及执法的实践中，经常需要在“本身违法原则”和“合理原则”之间权衡。有鉴于此，该论文强调，既应注重对反垄断执法队伍的建设，提高相关执法人员的素质，也要注重在反垄断实践中充分发挥经济学的分析作用。
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